Anteil der Virusmutanten in Potsdam steigt: Bergmann-Klinikum will ab Mitte März selbst sequenzieren

Potsdam - Bei den am Donnerstag am städtischen Bergmann-Klinikum vorgenommenen Target-PCR-Tests ist in mehr als der Hälfte der untersuchten Proben der britische Virustyp B.1.1.7 nachgewiesen wurden: Betroffen waren 23 der 42 getesteten Proben, wie das Klinikum mitteilte. Bei einem Fall handele es sich um einen Klinikumsmitarbeiter, bei den übrigen 22 um Proben von externen Einsendern, darunter Arztpraxen, andere Kliniken und das Gesundheitsamt. Am Klinikum waren in den vergangenen Tagen bereits bei elf Patienten und einem Mitarbeiter die Mutante B.1.1.7 nachgewiesen worden. Die Ergebnisse der Sequenzierung werden für Freitag erwartet. 

Am katholischen St. Josefs-Krankenhaus ist bislang bei einem Patienten die britische Virusvariante nachgewiesen worden, wie ein Sprecher auf PNN-Anfrage sagte. Bei drei weiteren Patienten konnten Virusvarianten festgestellt werden, die nun per Sequenzierung in einem externen Labor noch genauer untersucht und identifiziert werden müssen.

Bergmann-Labor startet Mitte März mit der eigenen Sequenzierung

Am Bergmann-Klinikum rückt der Start der Sequenzierung im klinikeigenen Labor unterdessen näher. Man gehe davon aus, dass man Mitte März damit beginnen könne, sagte Michaela Press, wissenschaftliche Mitarbeiterin im Bergmann-Labor, den PNN am Donnerstag. Die nötigen Spezialgeräte, darunter das Sequenzierungsgerät Grit Ion vom Hersteller Oxford Nanopore, seien mittlerweile fast vollständig, ergänzte Lucas Wrede, ebenfalls wissenschaftlicher Mitarbeiter. 

Die Schulungen für die Mitarbeiter begännen nun. Vorerst gehe man davon aus, dass man auch die Sequenzierung mit dem vorhandenen Personal leisten können. Wenn der Bedarf durch mehr Fälle steige, könne aber auch eine Aufstockung nötig sein.

Target-PCR geht schnell, findet aber nur bekannte Virusvarianten

Bereits jetzt werden im Bergmann-Labor Proben mit der sogenannten Target-PCR auf Virusvarianten getestet. Dabei werden alle zuvor in der herkömmlichen PCR-Testung positiv getesteten Proben gesammelt und ein zweites Mal untersucht, erklärte Michaela Press: „Das ist viel schneller als die Sequenzierung.“ Allerdings können damit nur bereits bekannte Virusvarianten identifiziert werden. 

Für die Target-PCR werden spezielle Primer – das ist der Adapterstoff, der an die Virus-RNA andockt - verwendet, die genau auf mutierte Stellen der bekannten Virusvarianten passen, erklärt Lucas Wrede. Diese zweite Untersuchung dauere etwa eine Stunde. So können zeitnah Aussagen über Virus-Mutationen getroffen und gegebenenfalls schon Maßnahmen ergriffen werden. Die anschließende Sequenzierung passiert derzeit in einem externen Labor, die Ergebnisse liegen in der Regel innerhalb von 48 Stunden vor.

Sequenzierung gibt unter anderem Aufschluss zum Ansteckungsgeschehen

Mit der Vollgenomsequenzierung erhalte man wesentlich mehr Informationen, sagte Michaela Press. Die Target-PCR erkenne nur Veränderungen an einzelnen Stellen, in einem Virus befänden sich aber immer mehrere Mutationen, erklärt Lucas Wrede. Aus diesen können die Mediziner mithilfe der Bioinformatik Details zur Herkunft des Virus und dem Ansteckungsgeschehen ableiten. Wenn zwei Proben dieselben Mutationen aufwiesen, dann könne man von einem gemeinsamen Infektionsursprung oder einer gegenseitigen Ansteckung ausgehen. So können Ansteckungs-Cluster aufgedeckt werden.

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Das Sequenzierungsverfahren ist aber deutlich zeitaufwendiger als die Target-PCR. Die Proben müssen dafür zunächst in mehreren Schritten vorbereitet werden, erklärt Wrede, zwischendurch müsse die DNA aufgereinigt werden. Das alles dauere etwa acht Stunden. Erst dann kann eine Probe ins Sequenziergerät. Die eigentliche Sequenzierung dauere dann erneut bis zu sieben Stunden und kann beispielsweise über Nacht laufen. Im Anschluss müssen die Daten ausgewertet und den einzelnen Proben zugeordnet werden. 

Die Ergebnisse werden immer auch ans Robert Koch-Institut (RKI) gemeldet. Das am Bergmann-Klinikum angeschaffte Gerät kann theoretisch zwar bis zu 480 Proben in einem Durchgang analysieren - um dieses Maximum auszuschöpfen, seien aber wegen der aufwendigen Vorbereitung weitere personelle und apparative Ressourcen nötig, so Michaela Press.